A agroecologia é tanto um projeto de campo, como uma ciência que articula o conhecimento popular e científico e um movimento social que visa a defesa da vida, a produção de alimentos saudáveis, a capacidade política organizativa em vista da superação da sociedade capitalista e a construção de uma sociedade justa e igualitária.

Para as EFA’s a agroecologia é também um dos seus pilares que se concretiza pelo desenvolvimento de ações que articulavam o conhecimento científico e popular no manejo sustentável de agroecossistemas e na produção de alimentos; pela organização do espaço educativo da escola (ambiente pedagógico) e nas atividades com as famílias e comunidades, através da Pedagogia da Alternância.

As EFA’s constituem centros de produção do conhecimento agroecológico e de processos de transição agroecológica dos agroecossistemas familiares, ao mesmo tempo em que incentiva e promove a produção agroecológica alimentos saudáveis, sem uso de agrotóxicos, fertilizantes químicos e transgênicos, respeitando a produção que promove a saúde humana e cuidado a Mãe Terra.

Os princípios e fundamentos da produção agroecológica são a agrobiodiversidade, ou seja, os sistemas agrícolas diversificados e o cuidado com o solo, entendido como um organismo vivo, o qual precisa de manejo, proteção e conservação e as sementes crioulas, enquanto patrimônio dos povos a serviço da humanidade. A produção agroecológica dever contribuir para que as famílias camponesas possam conquistar a soberania alimentar.