A estrutura institucional da REFAISA é formada por 13 (treze) Escolas Família Agrícolas integradas nos estados da Bahia e Sergipe. Essa estrutura em rede permite que as escolas sejam representadas, visando a defesa de seus interesses e a promoção, integração, capacitação e formação continuada das filiadas. Além disso, essa formatação assegura a fidelidade aos princípios filosóficos e metodológicos das EFA’s e o desenvolvimento de ações de cooperação e apoio com outras entidades do meio rural e urbano, comprometidas com o desenvolvimento da pessoa humana e o desenvolvimento sustentável.